جفری دین مورگان در سیاتل واشینگتن متولد شد. پدرش ریچارد دین مورگان و مادرش سندی توماس است. جفری مقطع ابتدایی‌اش را در دبستان بن فرانکلین گذراند. دوران دبیرستان او در مدارس رز هیل جونیور و لیک واشینگتن در کرک لند واشینگتن جایی که در آن فوتبال (آمریکایی) بازی می‌کرد و کاپیتان تیم بسکتبال بود. او قبل از آسیب دیدگی پایش برای تیم کالج اسکاگیت والی بازی می‌کرد.